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Le monde est enfin en paix. Les Pirates
de l'Espace ne sont plus, et la menace Metroïd est définitivement
écartée. Mais la promesse de leur utilisation pour le
progrès de la civilisation est perdue elle aussi.
Sur SR-388, un nouvel ordre naturel, sans les Metroïds, est en
train de se former. La Fédération Galactique est très
intéressée par cette occasion unique de voir grandir un
éco-système. Une station scientifique nommée BSL
(Biologic Space Laboratories) est envoyée en observation. En
raison de sa grande connaissance du terrain, Samus Aran participe elle
aussi à cette mission. Et de nombreux échantillons sont
ramenés dans la station BSL en orbite autour de la planète.
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Mais c'est au sol qu'un nouvel élément se produisit.
Samus rentra en contact avec une nouvelle forme de vie jusqu'à présent
inconnue : il s'agit d'un virus. Rapidement, la "Power Suit" de Samus
est infectée, et bientôt, la contagion gagne son système
nerveux. C'est à bord de son vaisseau qu'elle perd connaissance. Sans
contrôle, son airship dévie dangereusement et menace de s'écraser
contre une ceinture d'astéroïdes. Fort heureusement, le module d'urgence
éjecte Samus à temps, et sa capsule de survie est récupérée
par la station BSL. Mais aucun traitement ne parvient à faire régresser
l'infection dont souffre Samus. Des parties de sa combinaison sont retirées,
sans que cela n'entraine aucune amélioration de son état. Finalement,
il est décidé de transférer Samus au Quartier Général
de la Fédération Galactique. Mais les scientifiques ne peuvent
rien pour Samus.
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L'étude du virus, désormais appellé Virus
X (comme inconnu) montre qu'il s'agit d'une espèce qui ne s'est développée
que tout récemment sur SR-388 en raison de la disparition des Metroïds.
Les Metroïds seraient donc les prédateurs du Virus X, et peut-être
même leur seul prédateur. Un scientifique de la Fédération
propose alors une manoeuvre désespérée : Avant que la larve
Metroïd ramenée par Samus sur Ceres ne soit volée par Ridley,
il avait été conservé une culture de cellules. Il est alors
proposé de confectionner un vaccin à base de cette culture de
cellules. Le vaccin est rapidement préparé, puis injecté.
Et miraculeusement, les symptômes de l'infection régressent instantanément
! Cependant, la Power Suit de Samus est trop endommagée, et Samus recoit
alors une nouvelle combinaison, la "Fusion Suit" !
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Plus tard, il sera expliqué que la civilisation Chozo
a très probablement créé les Metroïds afin de lutter
contre le Virus X, dont l'expansion menacait SR-388. Les Virus X sont en effet
capables d'infecter toutes sortes de créatures, puis de prendre leur
apparence et d'adopter leur comportement. Leur unique but est la multiplication.
Lorsque Samus Aran élimina les Metroïds de la surface de SR-388,
l'expansion des Virus X reprit de plus belle. Mais grâce au vaccin qu'elle
a recu, Samus est désormais capable de résister et même
d'éliminer la menace X. Et ce n'est pas le moindre des paradoxes que
de constater que la larve Metroïd a en réalité sauver la
vie de Samus par 2 fois !
Mais peu de temps après, le Quartier Général
de la Fédération recoit un signal de détresse émanant
de la station BSL : une explosion a retenti dans la Zone de Quarantaine. Samus
se rend donc immédiatement sur place, mais ne retrouve aucun survivant
parmi l'équipe scientifique. Elle découvre que la station entière
a été infectée par le Virus X. Encore pire, l'un des Virus
ayant contaminé sa Power Suit a pris son ancienne apparence. Ce nouvel
ennemi, nommé SA-X est donc surpuissant. Samus n'est pas de taille àl'affronter,
et doit avant tout intervenir en différents points de la station afin
de la préserver. Au cours de son périple, elle va mettre à
jour un laboratoire secret, où la Fédération cultivait
en réalité quelques Metroïds (probablement reconstitués
à partir de la culture de cellules préservée). Mais le
SA-X lutte à la fois contre Samus (qui cherche à éradiquer
les X) et contre les Metroïds (le prédateur des X) et parvient à
détruire le laboratoire. Finalement, Samus défie le SA-X, mais
ce dernier s'enfuit. Le nombre de virus X ne cesse de croitre, et Samus décide
alors de détruire la station BSL et tous les X qui la contaminent en
même temps. Elle envoie alors la station se faire désintégrer
dans l'atmosphère de SR-388. Mais au moment de regagner son vaisseau,
un Metroïd Omega, échappé du laboratoire secret de la station,
lui bloque le chemin ! Et c'est finalement avec l'aide inouïe du SA-X (les
metroïds représentent une menace supérieure pour lui que
Samus), que notre chasseuse de prime parvient à vaincre l'ideuse bête.
Et ce sont les Multiviolas et Vertozor, secourus quelques temps plus tôt,
qui lui ramènent son vaisseau de facon à quitter la station à
temps !